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绪论1

第一章 Medline——蛋白质、核酸与三维结构数据库检索5

第一节 简介8

第二节 Entrez 可检索的数据库12

第三节 词条检索13

一、字段说明符14

二、字段解释15

三、布尔检索22

四、截词检索26

五、范围检索26

第四节 搜索参数选项28

一、显示方式选项28

二、其他选项32

第五节 替代符号32

第六节 流水号检索33

一、GenBank 登录号与序列标识符(GI 号)34

二、用于 UID 中的 Fasta 格式35

第二章 基因和基因组序列分析37

第一节 NCBI BLAST 电子邮件服务器的介绍50

一、访问 NCBI BLAST 电子邮件服务器50

二、BLAST 电子邮件检索请求示例50

三、NCBI BLAST 电子邮件服务器检索的可选程序51

四、NCBI BLAST 电子邮件服务器可用数据库52

五、NCBI BLAST 电子邮件服务器指令表54

六、利用 NCBI BLAST 电子邮件服务器检索的序列格式57

七、序列标识符59

八、检索请求的呈递与等候60

九、向 GenBank 呈递新的数据或更新修订60

第二节 BLAST 程序使用详解61

一、BLAST 程序算法61

二、BLAST 序列对比分值方案62

三、邻域(the neighborhood，T)64

四、HSP 分值阈65

五、Karlin-Altschul 统计学66

七、P 值、比对分值及信息68

六、SUM 统计学和 Poisson 统计学68

八、匹配报告中的选择度69

九、搜索敏感度70

十、遗传代码72

十一、设置参数73

十二、控制输出80

十三、环境变量80

十五、输出示例与详解81

十四、支持功能81

十六、原因不明的故障89

第三节 BLAST 常见问题解答91

一、最常见的问题91

二、BLAST 程序95

三、查询格式97

四、数据库结构98

五、选项 参数98

六、输出99

七、检索策略102

八、电子邮件服务器103

九、其他资源105

第四节 其他核酸与蛋白质序列分析 E-mail 服务器简介105

一、EMBL FASTA 蛋白质与 DNA 序列同源性检索105

二、GRAIL GENQUEST 序列分析、组合与比较系统108

三、DDBJ FASTA 序列同源性检索108

四、DDBJ malign 序列多重比对检索110

五、DDBJ BLAST 序列同源性检索111

六、DDBJ SSEARCH 序列同源性检索112

七、DDBJ SSTHREAD 蛋白质二级结构预测113

八、NCBI RETRIEVE 序列检索服务114

九、EMBL BLITZ 蛋白质序列同源性检索服务116

十、BLOCK 序列分析116

十一、EBI 网络文件服务器117

十二、Predict Protein 蛋白质结构预测119

十三、nnpredict 蛋白质二级结构预测120

十四、CBRG 序列分析121

十五、EST 报告122

十六、未知蛋白质序列功能分析123

十七、生物医学数据库126

第一节 邮件列表简介147

第三章 访问医学与生物学邮件列表147

第二节 查找订阅医学与生物学邮件列表148

一、使用 Listserv 列表服务器查找邮件列表148

二、使用 WWW 列表服务器查找邮件列表148

三、使用 Liszter 列表服务器149

四、订阅、停订以及检索所有邮递表149

第三节 Internet 上的医学与生物学邮件列表简介150

第四章 访问医学与生物学新闻组154

第一节 新闻组简介154

第二节 查找新闻组158

一、使用 reference.com158

四、使用 liszt 搜索159

五、访问 dejanews159

六、查询中文新闻组，可使用中文搜索引擎 Cseek159

三、nova.edu159

二、使用搜索引擎159

七、新闻组的完整列表160

第三节 阅读新闻组160

一、使用 Gopher mail 服务器160

二、使用 Agora 服务器161

三、通过 WWW 方式161

四、获取常见问题解答(FAQ)161

第五节 一些主要的医学和生命科学新闻组163

第四节 如何将邮件投递给新闻组163

第五章 访问医学与生物学 WWW 资源169

第一节 简介 WWW E-mail 服务器169

第二节 主要 WWW E-mail 服务器170

一、主要 WWW E-mail 服务器地址与性能表170

二、几个 WWW E-mail 服务器的具体用法171

第三节 一些医学与生物学 WWW 网址推荐172

一、医学网络搜寻器172

二、免费 Medline 检索173

三、网络虚拟环境的应用175

五、医学各专业常用网址176

四、网络医学专业期刊176

第六章 通过 E-mail 访问 WWW 的各类检索引擎196

一、检索 Yahoo196

二、检索 Altavista198

三、检索 Excite198

四、检索 InfoSeek199

五、检索 Lycos199

六、检索 DogPile200

七、用于访问 WWW 检索引擎的 WWW 服务器简介201

第七章 访问医学与生物学 FTP 资源205

第一节 FTP 简介205

第二节 E-mail 访问匿名 FTP 站点206

一、使用 Agora，getweb，w3mail 邮件服务器207

二、使用 FTPmail 服务器207

三、使用 Gophermail 服务器208

第三节 注册 FTP 站点的访问211

第四节 一些 FTPmail 服务器的地址212

第五节 如何查找 FTP 站点上的文件214

第六节 一些医学与生物学 FTP 资源介绍215

【附录】一些实用的 E-mail 技巧221

一、了解 FTPmail WEBmail 服务器工作状态221

二、通过 E-mail 学习从初级到高级的 Internet 教程221

三、E-mail 常用的脸谱及其含义221

四、查找研究人员的 E-mail 地址222

1.使用 Whois 服务器222

2.使用 MIT 服务器222

3.使用 Netfind222

五、使用 Archie 查找软件223

六、查找医学杂志的文献全文224

七、查询癌症信息(Cancermail)224

八、用 E-mail 发传真226

九、Internet 用国家(地区)和组织代码表227

十、测试收发 E-mail 的功能231

十一、韦伯(Webster)字典查询231

十二、E-mail 常用的缩略词及其含义231

十三、如何获取最新和最好的生物学文献232

十四、检索基因和蛋白质序列专利信息233